Zwischen dem Herbst 1990 und dem Ende des Jahres 1991 wurde die ostdeutsche Wissenschaftslandschaft in eine neue institutionelle Ordnung überführt. Betroffen waren alle Universitäten, Hochschulen, Fachbereiche, Institute und die außeruniversitäre Forschung. Der Vorgang veränderte nicht nur die akademischen Strukturen, sondern griff in zahlreiche Berufsbiografien ein und führte in vielen Einrichtungen zu einem personellen Bruch, dessen Folgen weit über die unmittelbaren Wendejahre hinausreichten.

Schon im Herbst 1990 wurden in den neuen Bundesländern Hochschulstrukturkommissionen eingerichtet. Ihre Aufgabe bestand darin, das übernommene Wissenschaftssystem zu bewerten und neu zu ordnen. Diese Kommissionen waren zu rund 90 Prozent mit westdeutschen Professoren und Funktionären besetzt. Dadurch wurden die ostdeutschen Einrichtungen überwiegend nach Maßstäben beurteilt, die aus dem westdeutschen Hochschulsystem stammten. Ostdeutsche Fachvertreter konnten beraten und Stellung nehmen, doch die entscheidenden Strukturfragen wurden meist in Gremien verhandelt, deren institutioneller Erfahrungshorizont westdeutsch geprägt war. 

Der Auftrag dieser Kommissionen zielte auf die Überführung der DDR-Hochschulen in die Ordnung der Bundesrepublik. Bereits im November und Dezember 1990 beschlossen die Landesregierungen die Abwicklung ganzer Fachbereiche, Hochschulen und Institute. Allein in Sachsen waren über vierzig Einrichtungen betroffen. Damit wurde der ostdeutsche Hochschulbereich innerhalb kurzer Zeit in ein anderes institutionelles System eingepasst.

Zum 1. Januar 1991 wurden viele betroffene Mitarbeiter in die sogenannte Warteschleife überführt. Ihr Arbeitsverhältnis ruhte bei verminderten Bezügen bis Ende Juni 1991; anschließend endete es nach der Darstellung der Quelle vielfach automatisch. Diese Regelung beruhte auf Sonderbestimmungen im Zusammenhang mit dem Einigungsvertrag. Für die Betroffenen bedeutete sie einen schweren Eingriff in die berufliche Planungssicherheit, zumal auch ältere Beschäftigte, Schwangere und Schwerbehinderte betroffen waren. Die Sonderregelungen wurden verfassungsrechtlich angegriffen, im Ergebnis jedoch nicht aufgehoben.

Die Größenordnung des Vorgangs zeigt sich vor allem an den Zahlen. Nach der Quelle arbeiteten 1989 in der DDR 218.000 Wissenschaftler an Hochschulen und Forschungseinrichtungen. Bis Mitte der neunziger Jahre verlor etwa die Hälfte von ihnen ihre Stelle. Bei den Professoren lag der Verlust sogar bei ca. zwei Dritteln. 

Besonders deutlich wird der Einschnitt an einzelnen Standorten. Die Technische Universität Dresden, die Hochschule für Verkehrswesen und die Pädagogische Hochschule beschäftigten 1989 zusammen mehr als 9.000 Menschen. Bis 1992 wurden 3.000 von ihnen entlassen. An der Universität Leipzig mussten nach der Quelle 7.000 von 12.000 Mitarbeitern vorzeitig ausscheiden. Viele Wissenschaftler, die im Hochschulsystem bleiben wollten, mussten sich neu bewerben, wobei die Berufungskommissionen vielfach mehrheitlich westdeutsch besetzt waren. Dadurch verband sich die fachliche Prüfung der Einzelperson mit einem institutionellen Machtwechsel, der den Zugang zu neuen Stellen wesentlich bestimmte.

Parallel zum Umbau der Hochschulen wurde die Akademie der Wissenschaften der DDR aufgelöst. Diese Akademie war 1946 gegründet worden und stand in einer Traditionslinie, die auf die Preußische Akademie der Wissenschaften und auf Gottfried Wilhelm Leibniz im Jahr 1700 zurückverwies. Zu ihr gehörten nach der Quelle 56 Akademieinstitute mit rund 24.000 Beschäftigten aus Mathematik, Physik, Chemie, Biologie, Medizin, Geowissenschaften und weiteren Forschungsbereichen. 

Bis zum Sommer 1991 besuchten mehr als 300 Gutachter aus dem Westen 130 Einrichtungen und verfassten 1.700 Seiten Bewertungsberichte. Zum 31. Dezember 1991 wurden die Akademieinstitute formal aufgelöst. Teile der Forschung gingen an Universitäten, in neu gegründete Institute oder in andere Trägerschaften über. In vielen Fällen geschah dies mit reduziertem oder verändertem Personalbestand. Die Gelehrtensozietät der Akademie ging 1992 in der Berlin-Brandenburgischen Akademie der Wissenschaften auf. Damit wurde eine traditionsreiche außeruniversitäre Forschungsstruktur unter neuen rechtlichen, organisatorischen und personellen Bedingungen neu zusammengesetzt.

Die historische Bedeutung dieses Vorgangs liegt in seiner Doppelnatur. Die Wissenschaft der DDR war politisch geprägt, institutionell eng mit dem SED-Staat verbunden und in manchen Fächern ideologisch belastet. Zugleich verfügte sie über fachliche Leistungsbereiche, gewachsene Forschungslinien, internationale Kontakte und qualifiziertes Personal. Der Umbau nach 1990 beseitigte daher politische Belastungen und institutionelle Fehlstrukturen, während er zugleich zahlreiche wissenschaftliche Biografien und ostdeutsche Aufstiegspfade kappte.

Die Wiedervereinigung wurde im Wissenschaftssystem überwiegend als Eingliederung der ostdeutschen Einrichtungen in westdeutsche Strukturen vollzogen. Darin lag eine reale Chance zur rechtsstaatlichen und wissenschaftlichen Neuordnung. Zugleich entstand ein erheblicher Verlust an fachlicher Erfahrung, institutioneller Kontinuität und ostdeutscher akademischer Selbstbehauptung. 

Der Vorgang sollte deshalb weder nostalgisch verklärt noch verwaltungssprachlich verharmlost werden. Seine historische Bedeutung liegt darin, dass eine notwendige Erneuerung unter asymmetrischen Bedingungen vollzogen wurde. Genau daraus erklärt sich der bis heute nachwirkende Streit: Für die einen war es die Modernisierung eines politisch belasteten Wissenschaftssystems; für viele Betroffene war es das Ende einer akademischen Laufbahn, die nicht immer an der eigenen fachlichen Leistung scheiterte.

• Alt, Peter-André: „Wende an Universitäten und Bibliotheken: Viele DDR-Wissenschaftler verloren ihre Stelle“, Berliner Zeitung, 6. November 2019.
• Blätter für deutsche und internationale Politik: „Von der Evaluation zur Liquidation. Zur aktuellen Hochschul- und Wissenschaftspolitik in den neuen Bundesländern. Eine Studie des Bundes demokratischer Wissenschaftlerinnen und Wissenschaftler (BdWi)“, Heft 2/1991, S. 232–249.
• Bundesministerium der Justiz: Einigungsvertrag vom 31. August 1990, insbesondere Artikel 38 zur Wissenschaft und Forschung sowie die Regelungen zur Akademie der Wissenschaften der DDR.
• Bundesstiftung Aufarbeitung / Projekt „Deutsche Einheit 1990“: „Auflösung der Akademie der Wissenschaften“, Dokumentation zur Umsetzung von Artikel 38 des Einigungsvertrages.
• Bundeszentrale für politische Bildung: Pasternack, Peer: „Der Wandel an den Hochschulen seit 1990 in Ostdeutschland“, 28. Oktober 2020.
• HoF Wittenberg, Institut für Hochschulforschung: Hüttmann, Jens; Pasternack, Peer: „Geschichte, die noch qualmt. DDR, Zeitgeschichte, Wittenberg. Drei Ergänzungen des HoF-Forschungsprogramms“, in: Die Hochschule. Journal für Wissenschaft und Bildung, 16. Jahrgang, Heft 1/2007, S. 82–92.
• HoF Wittenberg, Institut für Hochschulforschung: Pasternack, Peer: Hochschule und Wissenschaft in der DDR 1945–1989. Ein kurzer Abriss, HoF-Handreichungen 17, Halle-Wittenberg.
• Tagesspiegel: Specht, Jule: „Die Wissenschaft muss auch Ostdeutsche fördern“, Der Tagesspiegel, 6. Februar 2023. Als ergänzender Gegenwartsbezug zur Repräsentation Ostdeutscher im Wissenschaftssystem.
• Wikipedia: „Akademie der Wissenschaften der DDR“; „Liste der Hochschulen und Akademien in der DDR“. Nur als orientierender Einstieg und zur schnellen institutionellen Übersicht, nicht als Hauptbeleg.